Podstawowymi Organami Parlamentu Europejskiego jest wybierany spośród grona wszystkich posłów na posiedzeniu plenarnym Przewodniczący oraz Prezydium Parlamentu Europejskiego składające się z Przewodniczącego, 14 wiceprzewodniczących i 5 kwestorów.
W toku prac Parlamentu powołano do działania dalsze organy - Konferencja przewodniczących, Kolegium kwestorów, Konferencja przewodniczących komisji oraz Konferencja przewodniczących delegacji.
Konferencję przewodniczących tworzy Prezydium oraz przewodniczący poszczególnych grup politycznych.
Kolegium kwestorów liczy pięciu członków i jest organem doradczym Parlamentu. Zajmuje się obsługą administracyjną i finansową Przewodniczącego i Prezydium Parlamentu Europejskiego.
Konferencję przewodniczących komisji stanowią przewodniczący wszystkich komisji parlamentarnych, zarówno stałych, jak i doraźnych.
Konferencję przewodniczących delegacji tworzą przewodniczący delegacji międzyparlamentarnych.
Oprócz tego na forum Parlamentu działa wiele komisji - zarówno stałych (komisja spraw zagranicznych, bezpieczeństwa i polityki obronnej), jak również tymczasowych.